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23.04.2026 à 12:06

Comment une population de tortues est en train de s’autodétruire sur une île macédonienne

Xavier Bonnet, Directeur de Recherche CNRS à l'UMR 7372 en biologie et écologie des reptiles, Centre d'Etudes Biologiques de Chizé; La Rochelle Université
La brutalité des tortues mâles épuisent les femelles et les poussent régulièrement du haut des falaises. De ce fait, on compte aujourd’hui 100 mâles pour une seule femelle capable de pondre.
Texte intégral (3181 mots)
L’île de Golem Grad, en Macédoine du Nord, grouille de tortues d’Hermann. Pourtant, les prévisions estiment que la dernière femelle de l’île pourrait s’éteindre en 2083. Fourni par l'auteur

Sur l’île protégée de Golem Grad, en Macédoine du Nord, les tortues d’Hermann sont en train de s’autodétruire. En cause : la brutalité des mâles, qui épuisent les femelles et les poussent régulièrement du haut des falaises. De ce fait, on compte aujourd’hui cent mâles pour une seule femelle capable de pondre. Cette situation est l’unique exemple de suicide démographique à l’état sauvage connu à ce jour.


Les populations animales de grande taille qui vivent dans des environnements favorables, stables et protégés n’ont aucune raison de s’éteindre. À moins qu’une catastrophe, telle qu’un incendie dévastateur, la destruction de leur habitat ou une surexploitation, n’anéantisse tous les individus ou affaiblisse la population, la rendant vulnérable aux maladies et à d’autres perturbations et aléas.

À l’abri des falaises escarpées qui bordent l’île de Golem Grad, sur le lac Prespa, en Macédoine du Nord, les tortues d’Hermann orientales (Testudo hermanni boettgeri) grouillent sur le plateau boisé. Elles se prélassent au soleil le matin, pâturent dans les prairies et se reposent, se courtisent ou s’accouplent en poussant de petits cris aigus. De prime abord, rien ne semble mettre en danger cette population.

Les falaises de Golem Grad
Golem Grad, île de 18 hectares, abrite un lac perché à 850 mètres d’altitude et, sur son plateau, une forêt de genévriers grecs qui atteignent facilement 10 mètres de haut ainsi que de nombreux reptiles, serpents, lézards et oiseaux. Les falaises abruptes sont particulièrement dangereuses pour les tortues femelles lorsqu’elles sont harcelées par les comportements sexuels violents des mâles. Fourni par l'auteur

Comme pour d’autres espèces à longue durée de vie, un taux de survie élevé des adultes est essentiel au maintien des populations. Sur Golem Grad, les adultes n’ont pas de prédateurs, car ni les sangliers, les chiens, les rats ou les humains ne vivent sur cette île strictement protégée. Le climat méditerranéen d’altitude est également clément pour les reptiles.

Tous ces facteurs expliquent probablement l’extraordinaire densité de population d’environ 50 individus par hectare, la plus élevée connue pour les tortues. C’est d’ailleurs la facilité d’observation des tortues qui est à l’origine du suivi de terrain mis en place depuis 2008, fruit d’une collaboration scientifique fructueuse entre la Macédoine du Nord, la Serbie et la France. Ce programme de suivi à long terme a reçu le label SEE-Life du CNRS en 2023.

Mais les apparences sont trompeuses : cette population est dans un état critique. Les nombreuses données démographiques, comportementales, physiologiques et expérimentales recueillies pendant près de vingt ans montrent que, bien que très active sur le plan sexuel et reproducteur, cette population est en train de se suicider !

Le suicide démographique

Le suicide démographique est un processus théorique, étrange et contre-intuitif. Les conditions de son existence sont particulières. Pour une espèce donnée, il faut imaginer une population à forte densité où les accouplements violents menacent la survie des femelles. Cela conduirait progressivement à un déséquilibre du sex-ratio (proportion de mâles et de femelles dans une population), un excès de mâles, aggravant la pression sur des femelles toujours moins nombreuses et toujours plus harcelées, ce qui finirait par déclencher un cercle vicieux menant à la disparition des femelles et, à terme, à l’extinction.

Les systèmes d’accouplement coercitifs et violents sont courants dans la nature. Généralement, les mâles harcèlent les femelles jusqu’à obtenir l’accouplement, les blessant parfois. Dans certains cas, ces comportements peuvent entraîner la mort des femelles, comme chez les éléphants de mer, les moutons sauvages, les écureuils gris, les loutres, les cerfs, les grenouilles rousses, les drosophiles, les humains… Toutefois, de telles issues fatales ne profitent pas aux mâles qui n’auront pas de descendance si la femelle meurt lors de l’accouplement. Ces comportements sont ainsi mal adaptatifs et restent marginaux.

Différents mécanismes de régulation bloquent également l’émergence d’un cercle vicieux ou vortex d’extinction. Les femelles peuvent déployer un large éventail de stratégies d’évitement et de défense, telles que se cacher, rechercher la protection d’un mâle dominant ou former des alliances.

Par ailleurs, les mâles les plus violents produisent en général moins de descendants que ceux qui épargnent les femelles, leurs traits comportementaux ont donc moins de chance de persister au cours du temps. En outre, lorsqu’ils sont en surdensité, les mâles ont tendance à immigrer, ce qui relâche la pression sur les femelles. Ainsi, les conflits entre les sexes dans les systèmes d’accouplement coercitifs sont résolus par des équilibres efficaces, sans escalade.

Cependant, de rares expériences impliquant des animaux étudiés en captivité ont montré que les mâles peuvent avoir un fort impact négatif sur les populations lorsque le sex-ratio et la densité de population sont artificiellement biaisés et augmentés. Chez une crevette japonaise, l’excès de mâles réduit la fécondité des femelles tout comme les occasions de s’accoupler. Chez le lézard vivipare, les mâles en surnombre deviennent agressifs ce qui diminue la fécondité comme la survie des femelles.

Dans les conditions naturelles, la réalité écologique, comportementale et évolutive des populations est plus complexe : les femelles peuvent s’enfuir, par exemple, et il n’y a aucune raison pour que le sex-ratio et la densité de population atteignent des extrêmes.

Aucun suicide démographique n’avait jusque-là été observé dans la nature. Les tortues de Golem Grad, qui scient la branche sur laquelle elles se tiennent, apportent ainsi le premier exemple qui défie la règle : les mâles sont en train d’éliminer les femelles !

Qu’est-ce qui dérègle la population de Golem Grad ?

Quelques éléments sur les comportements sexuels et une comparaison avec une population témoin sont utiles pour comprendre ce qui se passe à Golem Grad.

Chez les tortues terrestres, le système d’accouplement est coercitif : les mâles poursuivent les femelles, les cognent, les mordent parfois jusqu’au sang et, en ce qui concerne les tortues d’Hermann orientales, les piquent au niveau du cloaque avec leur longue queue pointue jusqu’à ce qu’elles capitulent.

Pour arriver à monter sur la femelle, le mâle insiste longtemps en la poursuivant, lui mordant les pattes et la cognant, jusqu’à ce qu’elle capitule
Pour arriver à monter sur la femelle, le mâle insiste longtemps en la poursuivant, lui mordant les pattes et la cognant, jusqu’à ce qu’elle capitule. Fourni par l'auteur

Comme les tortues d’Hermann abondent en Macédoine du Nord, nous avons donc pu étudier une autre population très dense située sur les bords du lac à 4 kilomètres de l’île. Génétiquement très proche de celle de Golem Grad, elle vit dans un environnement protégé et sans falaise. Les femelles sont grandes, lourdes (beaucoup pèsent entre 2,5 kg et 2,9 kg) et très fécondes comme le montrent les radiographies. Un peu plus nombreuses que les mâles, elles résistent efficacement à leurs assauts intermittents. Aucun problème démographique n’y a été détecté, les projections démographiques suggèrent un accroissement de la population.

Avec l’extrémité cornée de leur queue, les mâles utilisent piquent le cloaque des femelles, et finissent régulièrement par les blesser sur Golem Grad
Avec l’extrémité cornée de leur queue, les mâles utilisent piquent le cloaque des femelles et finissent régulièrement par les blesser (Golem Grad). Fourni par l'auteur

Mais à Golem Grad, la situation est bien différente. Sur le plateau, plus de 700 mâles adultes patrouillent à la recherche de la quarantaine de femelles adultes. Par ailleurs, si les conditions physiologiques et environnementales ne sont pas adéquates, une femelle tortue d’Hermann peut très bien ne pas pondre d’œufs après un accouplement. Si elles sont, par exemple, trop maigres et trop stressées, les femelles n’arrivent à accumuler de réserves dans les follicules ovariens et les œufs ne se développent pas.

Il y a donc en réalité plus de 100 mâles par femelle capable de pondre. Pourtant, l’étude des nouveau-nés et des juvéniles montre que le sex-ratio n’est pas biaisé à la naissance. Les mâles en surnombre agissent souvent en meute de trois à huit. Ils harcèlent les femelles à longueur de journée, les blessent et se couchent à côté d’elles le soir, prêts à recommencer le lendemain. Les femelles n’ont pas beaucoup de répit ni assez de temps pour s’alimenter. Elles sont maigres (très peu dépassent 1,6 kg, le maximum étant 1,75 kg) et produisent, quand elles le font, deux fois moins d’œufs que celles de la population témoin.

Ne pouvant fuir, elles sont régulièrement acculées sur le bord des falaises, les mâles insistants les poussent dans le vide. Un GPS avec un accéléromètre installé sur une femelle a ainsi enregistré sa chute de plus de 20 mètres,le 18 juillet 2023 ; elle est morte brisée en deux avec ses trois œufs.

Une carapace de tortue fendue en deux
Cette femelle vivait sur le plateau, elle a été victime d’une chute de plus 20 mètres. Elle a probablement été poussée par des mâles insistants. Les femelles de moins en moins nombreuses sont de plus en plus harcelées, ce qui met en place un cercle vicieux ou « suicide démographique » (terme à ne pas confondre avec les dérives complotistes portées par l’extrême droite). Fourni par l'auteur

Depuis le début de l’étude, nous identifions toutes les tortues retrouvées mortes sur le terrain où les carapaces se conservent longtemps. Parmi les femelles décédées, 22 % ont fait une chute mortelle, cette proportion est de 7 % chez les mâles.

Avec des collègues britanniques, nous avons également mis au point une horloge épigénétique, mesurant l’âge des individus grâce à une prise de sang. Les plus vieux mâles ont plus de 60 ans, la plus vieille femelle 35 ans. Ces résultats sont cohérents avec les analyses morphologiques, de croissance et démographiques. Le taux de survie est anormalement bas chez les femelles, et ce problème est causé par la brutalité des mâles.

Le vortex d’extinction

Au fil du temps, la baisse du nombre des femelles adultes et de leur fécondité freine le recrutement. Nous avons ainsi pu identifer sur le terrain 45 femelles adultes en 2009, puis 37 en 2010, 20 en 2024 et seulement 15 en 2025.

Or, il faut environ quinze ans à une femelle pour atteindre l’âge adulte. Frustrés par le manque de partenaires sexuels, les mâles s’accouplent donc avec d’autres mâles, des cadavres, des pierres et des femelles immatures. Ils impactent ainsi précocement leur survie et aggravent le problème démographique. Il est possible de modéliser le fonctionnement de la population en intégrant les paramètres ci-dessus. Il est aussi possible de faire des prédictions.

La dernière femelle pourrait mourir en 2083, les mâles persisteront des décennies, car ces tortues peuvent vivre plus de quatre-vingts ans, puis finiront par mourir à leur tour. Il s’agit d’une prédiction, peut-être que la population actuellement au bord de l’extinction va se redresser, même si nous ne voyons pas comment. Si le rythme de vie très lent des tortues nous a offert la chance d’observer un vortex d’extinction dans la nature, et donc de vérifier une théorie étrange, c’est surtout le suivi de terrain intensif qui nous a apporté les données et l’inspiration.

The Conversation

Xavier Bonnet a bénéficié du soutien de SEE-Life CNRS.

22.04.2026 à 16:00

Comment la justice climatique risque de devenir un instrument de domination : le cas du Just Energy Transition Partnerships (JETP) au Sénégal

Yanis Rihi, Doctorant en économie politique du développement, Université Paris-Saclay
Quand on regarde la nature des fonds de ce projet à 2,5 milliards d’euros et le contexte géopolitique, une question subsiste : ce mécanisme n’entretient-il pas les inégalités actuelles ?
Texte intégral (2675 mots)

C’est un projet à 2,5 milliards d’euros qui se réclame de la justice climatique. Le Just Energy Transition Partnerships, ou JETP, est censé aider le Sénégal à se décarboner, avec des financements européens et canadiens. Mais quand on regarde la nature des fonds et le contexte géopolitique, une question reste en suspens : ce mécanisme n’entretient-il pas les inégalités actuelles ?


C’est un projet qui, sur le papier, aurait de quoi réjouir tous ceux soucieux d’une transition énergétique en Afrique et d’une justice climatique globale. Signé en 2023 entre le Sénégal, d’une part, et, de l’autre, plusieurs pays développés, le Partenariat pour une transition énergétique juste (JETP) assure, comme son nom l’indique, œuvrer à cela. Le président français Emmanuel Macron assurait ainsi lors de son lancement, que ce partenariat doit permettre au Sénégal de « continuer à se développer économiquement et de donner accès à l’énergie à l’ensemble de la population, tout en plaçant le pays dans une trajectoire sobre en carbone ».

Pourtant, derrière ces déclarations, se dévoilent des tensions profondes qui incitent à interroger la notion même de justice à l’aune d’une communauté internationale structurée par des rapports Nords-Suds historiquement inégaux et, surtout, de plus en plus fragmentée.

Le JETP sénégalais : une réponse aux exigences de la justice climatique internationale ?

Pour comprendre pourquoi, commençons par voir en quoi consiste exactement ce projet. S’il a commencé comme une promesse politique du Sénégal de réduire sa dépendance aux énergies fossiles, il s’est ensuite concrétisé par un engagement financier d’une durée initiale de trois à cinq ans, d’environ 2,9 milliards de dollars (2,5 milliards d’euros), du Groupe des partenaires internationaux (GPI), composé notamment de la France, de l’Allemagne, de l’Union européenne, du Royaume-Uni, du Canada, de banques multilatérales de développement et d’acteurs privés. Cette somme d’argent est destinée à soutenir la transition énergétique du Sénégal vers des sources d’énergie décarbonées.

Sur le plan théorique, le JETP s’inscrit dans une reconnaissance explicite de la responsabilité historique des pays industrialisés dans l’accumulation des émissions de gaz à effet de serre. Le texte souligne ainsi que le Sénégal est « fortement exposé aux effets du changement climatique, alors qu’il contribue de manière marginale aux émissions mondiales de gaz à effet de serre », tout en rappelant « l’engagement des pays développés à fournir un soutien financier aux efforts d’atténuation et d’adaptation au changement climatique des pays en développement ». Réitérant ainsi la formulation relative aux « responsabilités communes mais différenciées » qui structure les négociations climatiques internationales.

Le partenariat se présente donc comme une tentative de corriger certaines injustices climatiques mondiales, en soutenant notamment les efforts de décarbonation d’un pays à faibles émissions dans un contexte de forte exposition aux impacts du changement climatique.

De la sorte, et fort de son important potentiel solaire et éolien, le Sénégal s’engage, en signant cet accord avec l’appui de ses partenaires des Nords, à :

  • Élaborer une modélisation macroéconomique des trajectoires vers une économie bas-carbone et résiliente ;

  • Porter la part des énergies renouvelables à 40 % du mix électrique d’ici 2030 (actuellement 31 % selon la capacité de production installée) ;

  • Réduire progressivement l’usage de combustibles fossiles hautement polluants dans la production d’électricité.

A priori, ces objectifs apparaissent cohérents et légitimes pour permettre une sortie rapide des combustibles fossiles. Néanmoins, si l’on dézoome, ce projet intervient alors que d’autres sont également menés, avec des objectifs aux antipodes, comme le projet d’exploitation d’hydrocarbures de Sangomar, premier champ pétrolier offshore du Sénégal, situé à une centaine de kilomètres au sud de Dakar, et entré en production en 2024.

Développé dans le cadre d’un partenariat entre la compagnie australienne Woodside Energy, opérateur majoritaire, et la compagnie nationale sénégalaise Petrosen, Sangomar illustre l’implication simultanée d’acteurs occidentaux dans l’expansion de l’exploitation pétrolière du pays. Le développement de la première phase du champ pétrolier offshore représentant environ 5 milliards de dollars d’investissement, un montant bien supérieur à l’ensemble des financements mobilisés dans le cadre du JETP.

Certaines entreprises issues de pays partenaires du JETP sont d’ailleurs également impliquées dans le développement des hydrocarbures au Sénégal. C’est notamment le cas de la compagnie britannique BP, engagée dans le projet gazier offshore Greater Tortue Ahmeyim, ainsi que de la société française TotalEnergies, active sur plusieurs blocs d’exploration au large du pays.

Face à ce paradoxe, un argument est souvent invoqué : celui du droit au développement, selon lequel il serait injuste d’exiger des pays des Suds qu’ils renoncent à l’exploitation de ressources fossiles susceptibles de soutenir leur développement alors que les pays des Nords se sont historiquement enrichis grâce à ces mêmes ressources et demeurent les principaux responsables du changement climatique.


À lire aussi : Comment lutter contre le changement climatique sans creuser les inégalités entre Nords et Suds ?


Mais cette ambivalence n’est qu’un seul volet des questionnements quant à la justice réelle de l’engagement des pays occidentaux en faveur de la transition énergétique du Sénégal.

Derrière l’engagement politique : une reproduction des asymétries financières ?

Un autre concerne la nature des fonds promis, ainsi que leurs versements. Car près de trois ans après la signature de l’accord, l’on constate d’abord que les financements promis tardent à se concrétiser. En effet, à ce jour, aucun décaissement n’a été effectué et les négociations restent bloquées, notamment quant à la nature des instruments financiers mobilisés.

La majorité des fonds envisagés prendrait actuellement la forme de prêts concessionnels, pour un montant estimé à environ 1,8 milliard d’euros (sur les 2,5 milliards promis). Or, cette modalité financière pose un problème majeur dans un pays dont la dette publique atteint des niveaux historiquement élevés, près de 118,8 % du PIB, selon le Fonds monétaire international, à la fin de l’année 2024.

En ce sens, il est légitime de se demander si une transition énergétique financée par l’endettement auprès de bailleurs occidentaux peut réellement être qualifiée de juste. De surcroît, lorsque l’on sait à quel point la dépendance des créanciers des Suds à leur débiteur des pays développés est un levier de pouvoir.

Plus clairement, ces lignes mouvantes, entre promesse et conditionnalités, imposent de savoir si la justice climatique ne risque pas plutôt de se transformer en une nouvelle forme de discipline financière, perpétuant des relations de subordination héritées de l’histoire coloniale et postcoloniale des pays « bénéficiaires » de ces JETP. À l’image par exemple des plans d’ajustement structurels imposés dans les années 1980-1990, qui conditionnaient l’accès aux financements internationaux à des réformes économiques profondes, souvent au détriment des marges de manœuvre des États et des politiques sociales.

Dans l’ensemble, ces interrogations mettent en lumière des zones d’ombre qui mériteraient d’être mieux éclairées. Elles appellent notamment à une meilleure compréhension des acteurs engagés dans les négociations avec les bailleurs, ainsi que des rapports de force qui les structurent et les conditionnent. Une telle clarification, nourrie par la recherche et le débat public, constituerait davantage un préalable à l’appréciation des orientations et des effets du JETP sur les priorités énergétiques et sociales du Sénégal.

Le JETP comme instrument géopolitique : soutien international ou levier d’influence ?

Pour autant, les dimensions financières ne suffisent pas à saisir l’ensemble des inquiétudes en cours autour du JETP sénégalais, car celui-ci s’inscrit également dans un contexte géopolitique en profonde reconfiguration. Depuis plusieurs années, l’Europe, et singulièrement la France, connaît un recul significatif de son influence en Afrique francophone, marqué par des ruptures diplomatiques et des coups d’État au Sahel. Parallèlement, l’influence de la Chine et de la Russie s’affirme dans plusieurs pays africains, offrant des alternatives aux partenariats occidentaux traditionnels.

Dans un tel contexte, le JETP peut alors être lu comme un outil de reconsolidation de l’influence, visant à maintenir l’ancrage des bailleurs occidentaux dans un pays stratégiquement stable comme le Sénégal. D’autant qu’il peut constituer une opportunité pour des acteurs privés des Nords de s’implanter durablement dans le secteur des énergies renouvelables, un marché, par ailleurs, en forte croissance sur l’ensemble du continent africain.

Les expériences naissantes des JETP connexes menées simultanément en Indonésie, au Vietnam et en Afrique du Sud le confirment. Des recherches récentes mettent notamment en garde contre la manière dont ces partenariats pourraient favoriser l’entrée de multinationales étrangères sur les marchés énergétiques locaux ou orienter les projets vers des logiques d’exportation d’électricité ou d’hydrogène vert au bénéfice des mix énergétiques des Nords, faisant, dès lors, des pays « hôtes » un véritable terrain de compétition géopolitique.

Certes plus récent, et donc encore difficile à évaluer, le cas du JETP sénégalais met tout de même en lumière une contradiction fondamentale du développement soutenable contemporain. Celle d’une fracture entre les promesses normatives de la justice climatique et les réalités politiques, économiques et historiques de sa mise en œuvre. Du flou entourant certains aspects de l’accord au manque de documentation publique accessible, en passant par l’absence de débat démocratique élargi, de nombreuses impasses mettent en doute la finalité réelle de ce dispositif en matière de justice sociale et climatique.

À ce stade, plusieurs éléments pourtant essentiels demeurent encore peu documentés, comme la répartition précise des financements entre dons, prêts concessionnels et investissements privés, la liste détaillée des projets appelés à être financés, ou encore les conditions et objectifs associés à ces financements. Or, pour un partenariat international mobilisant plusieurs milliards d’euros et destiné à transformer durablement le système énergétique du pays, une telle absence de visibilité soulève des interrogations légitimes quant à sa gouvernance et à son appropriation démocratique.

Ces difficultés ne sont d’ailleurs pas propres au cas sénégalais. Plusieurs analyses récentes consacrées aux JETP mis en œuvre ailleurs soulignent des écueils récurrents, tels que la lenteur de la mobilisation effective des financements promis, l’écart entre les montants annoncés et les ressources réellement mobilisées, ou encore les incertitudes quant à l’adéquation entre les projets financés et les besoins énergétiques et sociaux des pays partenaires. Ces tensions mettent au jour les défis structurels que pose ce nouveau type de partenariat financier climatique.

Des marges de manœuvre encore possibles

Seul le récent Plan d’investissement (2025) publié par le ministère sénégalais de l’énergie, du pétrole et des mines, permet d’esquisser les premiers contours des projets de décarbonation qui sont appelés à découler du JETP. Il s’agit notamment de projets dits « Quick Win », parmi lesquels figure, par exemple, un programme d’électrification des îles du Saloum par le déploiement d’installations photovoltaïques décentralisées, rapidement opérationnalisables.

Loin de rejeter le principe et l’importance de ces partenariats internationaux pour l’accélération de la transition énergétique mondiale, il s’agit avant tout de les considérer avec du recul. Encore trop souvent réduite à un slogan et à un instrument de politique étrangère, l’opérationnalisation d’une justice climatique dans les pays des Suds devrait plutôt constituer un vecteur de transformation profonde des « capabilités » de développement et de résilience, au sens de l’approche développée par l’économiste et philosophe Amartya Sen. Celui-ci concevait le développement comme l’élargissement des libertés réelles et des possibilités effectives d’action des individus, de manière donc à permettre à la société sénégalaise, de choisir et de piloter elle-même sa trajectoire de transition.

C’est pourquoi dans ce contexte il semble important d’aborder de front les inégalités historiques encore à l’œuvre dans les relations internationales qui semblent actuellement structurer et conditionner les finalités supposément justes de ces JETP. La vigilance reste, par conséquent, de mise dans l’attente du dévoilement et de la mise en œuvre des projets complémentaires de décarbonation qui déboucheront de ce partenariat qui, in fine, permettront de déterminer si cette initiative de justice climatique globale peut réellement devenir un levier au service de la société et de la transition énergétique sénégalaise.

The Conversation

Yanis Rihi ne travaille pas, ne conseille pas, ne possède pas de parts, ne reçoit pas de fonds d'une organisation qui pourrait tirer profit de cet article, et n'a déclaré aucune autre affiliation que son organisme de recherche.

20.04.2026 à 15:43

Directive européenne sur les sols : pourquoi les suivis par ADN environnemental ne suffiront pas

Mickaël Hedde, Directeur de recherche, Inrae
Antonio Bispo, Inrae
Claire Chenu, Enseignante chercheure à AgroParisTech, science du sol, biogéochimie, matières organiques, Inrae
Flavien Poinçot, Expert au CSTI-RNEST, Acta
Jérôme Cortet, Professeur, Université Paul Valéry – Montpellier III
Une nouvelle directive européenne adoptée fin 2025 prévoit d’évaluer la santé des sols grâce à l’ADN environnemental. Une approche utile, mais insuffisante.
Texte intégral (2484 mots)

La directive européenne sur la surveillance des sols, adoptée par l’Union européenne fin 2025, ambitionne de parvenir à des sols en bonne santé d’ici à 2050. Ces derniers se situent, en effet, au carrefour de multiples enjeux : climat, biodiversité, alimentation, etc. Oui, mais avec quels outils de mesure ? Le texte décidé à Bruxelles n’impose, pour l’heure, que l’approche fondée sur l’ADN environnemental. La France dispose pourtant d’une forte expérience de mesure de la qualité des sols, qui pourrait être avantageusement mise à profit : les meilleurs outils de suivi sont ceux qui intègrent de façon simultanée plusieurs approches complémentaires.


Depuis novembre 2025, la Directive européenne sur la surveillance et la résilience des sols impose aux États membres d’évaluer régulièrement la biodiversité des sols. Pour la partie biologique, la directive prévoit le suivi, tous les six ans, de la diversité microbienne des sols (bactéries et champignons) à partir de l’ADN environnemental (ADNe).

Or, si l’ADNe constitue un outil puissant pour détecter la biodiversité à grande échelle, il est insuffisant, à lui seul, pour interpréter les changements observés et en identifier les causes. En effet, les communautés bactériennes et fongiques ne représentent qu’une partie de la biodiversité des sols, qui inclut également de nombreux organismes aux rôles écologiques cruciaux et variés.

Le fonctionnement des sols repose également sur l’abondance, la biomasse et l’activité des organismes vivants, dimensions qui ne peuvent être évaluées par la seule détection moléculaire. Une approche graduée combinant plusieurs protocoles complémentaires est donc nécessaire pour produire des indicateurs robustes et utiles pour l’action publique.

L’expérience française, notamment à travers le réseau de mesure de la qualité des sols (RMQS) et le GIS Sol, constitue, à ce titre, un référentiel d’interprétation des résultats et un cadre opérationnel déjà éprouvé pour la surveillance de la biodiversité des sols. Celui-ci pourrait avantageusement compléter le socle prévu par la législation européenne.

L’ADN environnemental, nécessaire mais pas suffisant

L’ADNe est une approche moléculaire et, à ce titre, présente des avantages en matière de surveillance environnementale : détection large – et a priori standardisée – de la biodiversité, forte comparabilité spatiale et temporelle… De telles méthodes constituent un outil particulièrement efficace pour détecter des changements dans la composition des communautés biologiques.

Cependant, les signatures moléculaires issues de l’ADNe ne permettent pas toujours d’identifier correctement les taxons présents dans les sols. Elles peuvent présenter des biais de représentativité. Elles sont, de plus, souvent peu corrélées à d’autres caractéristiques biologiques essentielles pour caractériser la biodiversité et le fonctionnement des sols, telles que l’abondance des organismes, leur biomasse, leur structure démographique ou encore leurs activités. Elles offriront donc une vision incomplète – voire parfois déformée – de la santé des sols.

Or, au-delà de la simple détection de changements de diversité, les dispositifs de surveillance doivent également permettre d’interpréter ces évolutions, c’est-à-dire, comprendre ce qu’elles impliquent pour la fonctionnalité de sols, par exemple pour l’agriculture, et d’en identifier les causes. C’est cela qui permettra d’évaluer l’efficacité des politiques publiques et des pratiques de gestion. Dans ce contexte, réduire la complexité biologique et écologique des sols à cette unique composante comporte un risque lié à ses difficultés d’interprétation.

La directive prévoit toutefois que les États membres puissent compléter les indicateurs obligatoires par d’autres indicateurs biologiques dans leurs dispositifs nationaux de surveillance, ouvrant ainsi la possibilité d’approches plus intégrées.

Un outil d’aide à la décision publique

La surveillance de l’environnement poursuit deux objectifs distincts et complémentaires : détecter des changements de l’état des écosystèmes et attribuer ces changements à des pressions environnementales, des usages des sols ou des pratiques de gestion. Ces deux dimensions sont étroitement liées par les processus biologiques et écologiques qui structurent le fonctionnement des écosystèmes.

Au-delà de leur portée scientifique, les indicateurs utilisés pour le suivi de la biodiversité des sols constituent un outil d’aide à la décision publique. Il ne s’agit pas seulement d’identifier les dynamiques des communautés biologiques, mais aussi d’en comprendre les causes. Cela concerne donc aussi, et d’abord, les décideurs publics. Il s’agit d’orienter les pratiques d’aménagement et de gestion durable, d’identifier les situations de dégradation, de mener des politiques pour remédier et de pouvoir en évaluer l’efficacité.

Un dispositif de surveillance qui se limiterait à la détection de changements de la biodiversité des sols sans permettre leur interprétation et leur attribution aux pressions environnementales offrirait une base limitée pour l’évaluation des politiques publiques et la mise en œuvre de stratégies de gestion adaptées.

La biodiversité ne se résume pas au seul nombre de taxons

Les fonctions écologiques du sol – telles que la régulation de l’eau et des contaminants, la fourniture des nutriments, le stockage de carbone, l’entretien de la structure ou le support de la biodiversité elle-même – ne sont pas des états statiques, mais des processus dynamiques. Elles reposent sur l’activité des organismes vivants, leur biomasse et leurs caractéristiques fonctionnelles (physiologie, comportement) ainsi que leurs interactions (compétition, symbiose, parasitisme). Elles s’expriment par des flux et des vitesses de renouvellement plutôt que par de simples stocks.

Dans ce cadre, les approches moléculaires fournissent une information précieuse sur la présence d’organismes, mais ne permettent pas, à elles seules, d’évaluer ces processus dynamiques ni leur intensité. Une interprétation correcte du fonctionnement des sols nécessite donc des mesures complémentaires ainsi que des référentiels d’interprétation permettant de relier les indicateurs biologiques aux différents contextes d’usage des sols et aux conditions environnementales.

Les données ADNe sont de plus en plus utilisées pour développer de nouvelles approches, par exemple celles fondées sur les réseaux d’interactions, qui permettent de représenter l’organisation des communautés biologiques du sol. Lorsque ces réseaux sont construits uniquement à partir de données de présence ou de co-occurrence, ils reflètent surtout le partage de conditions écologiques ou de niches environnementales par différentes espèces.

Cela ne fournit alors que des informations indirectes sur les activités biologiques à l’œuvre et sur les flux de matière et d’énergie, qui déterminent pourtant aussi le fonctionnement des sols. L’interprétation écologique nécessite des informations complémentaires, notamment sur l’abondance ou la biomasse des organismes. C’est ainsi que l’on peut relier les communautés biologiques aux processus écologiques qui soutiennent les fonctions du sol.

Une approche graduée et complémentaire

Afin de concilier efficacité opérationnelle et pertinence écologique, le suivi de la biodiversité des sols gagne à combiner plusieurs types d’approches, chacune apportant une information spécifique sur l’état et le fonctionnement des communautés biologiques.

Les approches fondées sur l’ADNe permettent une détection large et standardisée de la biodiversité microbienne, et pourraient être étendues à d’autres organismes comme les invertébrés.

D’autres méthodes reposent sur l’observation directe des organismes de la faune du sol, l’estimation de leur abondance ou de leur biomasse, ou encore l’analyse de leurs caractéristiques fonctionnelles. Elles apportent des informations essentielles sur la structure biologique et le rôle écologique des communautés du sol.

Ces approches ne doivent pas être considérées comme mutuellement exclusives, mais comme des outils complémentaires. Elles permettent de relier la composition des communautés biologiques (structure taxonomique et fonctionnelle) aux processus écologiques qui soutiennent les fonctions des sols. Leur combinaison est, à ce titre, particulièrement intéressante pour construire une stratégie de suivi présentant différents niveaux d’information.

Cette logique de complémentarité est déjà mise en œuvre dans certains dispositifs de suivi existants. Par exemple, dans le cadre du réseau français de surveillance des sols (RMQS) ou encore dans l’observatoire de biodiversité de montagne Orchamp. Ces approches n’ont pas vocation à être déployées partout, mais leur combinaison est indispensable pour interpréter correctement l’état et l’évolution de la biodiversité des sols.

Nos recommandations pour une mise en œuvre de la directive à l’échelle nationale

Préserver la capacité à comprendre, expliquer et agir suppose de reconnaître que la complexité biologique des sols appelle une diversité maîtrisée des approches de suivi.

Avec le soutien du GIS Sol, la France figure parmi les nations à la pointe du suivi de la biodiversité des sols. Elle a éprouvé cette approche, combinant plusieurs protocoles au sein du RMQS, depuis plusieurs années. Cette expérience, rare à l’échelle européenne, doit constituer la base sur laquelle construire le futur réseau national de surveillance des sols.

La directive prévoit, au-delà des indicateurs obligatoires, la possibilité pour les États membres de compléter leurs dispositifs par des indicateurs optionnels. Cette flexibilité offre l’opportunité de mettre en place un système de surveillance capable non seulement de détecter des tendances d’évolution de la biodiversité des sols, mais aussi d’en interpréter les causes et les possibilités de remédiation. Cela permet enfin d’évaluer les implications pour les politiques publiques.

Dans cette perspective, plusieurs principes devraient guider la déclinaison nationale de la directive européenne :

  • Ne pas restreindre la surveillance nationale de la biodiversité des sols à une mesure unique issue de l’ADNe, qui limite notre capacité à interpréter les changements observés.

  • Mettre en œuvre une combinaison de mesures complémentaires, permettant de relier la détection de la biodiversité à la structure des communautés et aux processus écologiques qui soutiennent les fonctions des sols, avec l’appui des des protocoles et des mesures qui seront développés dans les PEPR Dynabiod et SolsVivants.

  • Développer des référentiels d’interprétation ouverts et des cadres d’analyse permettant d’évaluer si les variations observées sont significatives, afin de relier les indicateurs biologiques aux usages des sols et aux pressions environnementales.

  • Tirer parti des dispositifs existants, notamment du RMQS soutenu par le GIS Sol, afin de garantir la cohérence, la comparabilité et la robustesse scientifique du futur système national de surveillance.


Cet article est une production conjointe du RMQS Biodiversité, des PEPR SolsVivants et Dynabiod et du RNEST, représentés par les co-auteurs. Ont également contribué à l’élaboration de ce document : Apolline Auclerc, Nolwenn Bougon, Miriam Buitrago, Philippe Hinsinger, Claudy Jolivet, Antoine Lévêque, Gwenaël Magne, Florence Maunoury-Danger, Jérôme Mathieu, Christian Mougin, Laurent Palka, Benjamin Pauget, Guénola Pérès, Sophie Pouzenc, Sophie Raous, Claire Salomon, Marie-Françoise Slack, Wilfried Thuiller, Cécile Villenave, Quentin Vincent.

The Conversation

Mickaël Hedde a reçu des financements de différents organismes français (OFB, ANR, ADEME) et de l'Union Européen (Horizon Europe) pour mener ses recherches au sein de l'INRAE.

Antonio Bispo est directeur de l'unité de recherche INRAE Info&Sols basée à Orléans. Il a reçu des financements de différents organismes français (Ministères, OFB, ANR, ADEME, Région Centre Val de Loire) et de l'Union Européen (Horizon Europe) pour mener ses recherches. L'unité de recherche pilote, pour le compte du GIS Sol (www.gissol.fr), les programmes nationaux d'inventaire et de surveillance des sols, elle gère également le système national d'information sur les sols.

Claire Chenu est membre de l'Association Française pour l'Etude des Sols (AFES), membre correspondant de l'Académie d'Agriculture et membre de l'Académie des Technologies. Elle co-préside le Comité Scientifique, Technique et d'Innovation du Réseau National d'Expertise Scientifique et Technique sur les Sols (CSTI RNEST). Elle a reçu des financements Européens (en particulier European Joint Programme SOIL) pour mener des recherches au sein d'INRAE et AgroParisTech

Flavien Poincot est ingénieur à l'Acta qui accompagne, anime et représentante le réseau des 19 instituts techniques agricoles, organismes de recherche appliquée travaillant pour l’ensemble des productions agricoles, animales et végétales.

Jérôme Cortet est membre de la Société française d’Écologie Évolution (SFE2) et de l'Association française pour l’Étude du Sol (AFES). Il co-préside actuellement le Comité Scientifique Technique et d'Innovation du Réseau National d'Expertise Scientifique et Technique sur les Sols (CSTI RNEST). Il a reçu des financements de différents organismes français (ANR, ADEME, Région Occitanie) pour mener ses recherches au sein du Centre d’Écologie Fonctionnelle et Évolutive, laboratoire rattaché à l'Université de Montpellier Paul-Valéry

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